石門古戰場因牡丹社事件而名留青史。石門是進出牡丹鄉的孔道。位於現今車城鄉與牡丹鄉交界之地。所謂石門，是指四重溪貫穿兩山夾峙之處。兩山相距僅約三十公尺。位於西邊的是海拔約370公尺的虱母山，東邊則是海拔約450公尺的五重溪山，兩山緊緊束著四重溪河道，形成石門。夾峙的兩山其實是兩塊巨大岩石，屬於墾丁層中的礫岩塊，由於岩性較周圍的泥岩堅硬，因此形成絕壁陡峭，形勢險要，易守難攻。牡丹社事件時，原住民為保衛家園在此英勇作戰，頑強抵抗日軍，傷亡慘重。
日據時期日本人在山頂處立有表彰勝利的紀念碑，另一側則立忠魂碑悼慰日軍亡靈。但光復後由於首任屏東縣長張山鐘先生認為日本人所立之碑有辱國風，因此將日人遺留的紀念碑碑文改題為「澄清海宇還我河山」，以紀念當年史事。至於忠魂碑原碑已失，僅留基座。目前車城鄉公所在此區闢建停車場和台階，方便遊客登山憑弔歷史。
公路單位曾於拓寬199號線道時，構思鑿開石門，但因牡丹社原住民反對而作罷。
雄偉險峻的石門天險，歷經牡丹水庫興建啟用與公路拓寬等工程施工，以及颱風、驟雨、地震等天災考驗，至今仍屹立不搖守護著綠野清溪和居住於此的居民。
牡丹社事件
近因：
西元1871年（清同治10年，日明治4年）一艘琉球宮古島向那霸上繳年貢的船隻，在回航時遭遇颱風，漂流至台灣東南部八瑤灣（即今之九棚），船上69名乘客溺死3人，有66人登陸，闖入高士佛社原住民住地，後又因文化認知不同而遭殺害計54人，逃過一劫的其餘12人則在當地漢人營救下前往台南府城，由滿清政府官員安排轉往福州乘船歸國。此類事件在當時不時發生，按慣例皆由中國政府撫卹、送還回國。1873年日本政府外務卿副島種臣前往中國時向總理衙門提起此事時，大臣毛昶熙答覆：「二島（琉球與台灣）俱我屬土，屬土之人相殺，裁次固在於我，我恤琉人，自有措置，何預貴國事，而煩為過問？」日本拿出被害者中有四位小田縣漁民的證據，又追問「貴國既然已知撫卹琉球民，為何不懲辦台番？」，毛以殺人者為置之化外的生番來搪塞，副島便言：「生番害人，貴國置之不理，我國有必要問罪島人，因與貴國盟好，特先來奉告」，毛昶熙不察日使意圖，隨口回答：「(臺灣)生番係我化外之民，問罪與否，聽憑貴國辦理。」日本遂抓住這句話柄，向「無主番界」出兵。
戰爭經過：
西元1874年（清同治十三年）5月10日，日軍於射寮（今屏東縣車城鄉射寮村）登陸。5月18日到5月21日，日軍與台灣原住民有小規模接觸，互有傷亡。5月22日，佐久間左馬太率領日軍150人進抵石門（今屏東縣牡丹鄉石門村）遭到原住民強烈抵抗，最後日軍陸戰隊攀上峭壁居高臨下，情勢逆轉，原住民敗逃，牡丹社頭目阿祿父子等30餘人陣亡。經此一役，多數採觀望態度的原住民皆靠向日本。6月1日起日軍分三路掃蕩牡丹社、高士佛社、女乃社等原住民，沿途只有小規模抵抗，佔領後焚燒村屋並撤回射寮營地。7月1日，牡丹社、高士佛社、女乃社終於投降。日軍移營龜山（今車城鄉國立海洋生物博物館附近）長期駐紮。