九棚大沙漠位於九棚溪出海口處。因為九棚溪長年累月挾帶著大量的河沙往下游沖，且堆積在出海口附近海域；又因為受到波浪、海流作用而被來回搬運的河沙，暫時被堆置在河口的兩側。當退潮時，這些河沙又再次被強風帶著去旅行。強風將沙吹上了岸，堆積於高地上，久而久之此處便形成近似沙漠景觀的沙丘地形。
九棚大沙漠與位於九棚溪北方的「港仔大沙漠」相連，面積廣達兩百多公頃，是臺灣少見的沙漠（丘）地形景觀，據聞是臺灣最壯觀的沙漠奇景。
天氣佳時，許多遊客喜歡躺在沙丘上仰望月亮跳出海面的美景，傍晚時分，於沙丘上漫步也別有一番詩意。