九棚大沙漠位於九棚溪出海口處。因為九棚溪長年累月挾帶著大量的河沙往下游沖,且堆積在出海口附近海域;又因為受到波浪、海流作用而被來回搬運的河沙,暫時被堆置在河口的兩側。當退潮時,這些河沙又再次被強風帶著去旅行。強風將沙吹上了岸,堆積於高地上,久而久之此處便形成近似沙漠景觀的沙丘地形。
九棚大沙漠與位於九棚溪北方的「港仔大沙漠」相連,面積廣達兩百多公頃,是臺灣少見的沙漠(丘)地形景觀,據聞是臺灣最壯觀的沙漠奇景。
天氣佳時,許多遊客喜歡躺在沙丘上仰望月亮跳出海面的美景,傍晚時分,於沙丘上漫步也別有一番詩意。